Descripción
This dataset provides information on the exact day and site where spores of 109 taxa of ferns and lycopos were collected for the Index Seminum (seed exchange catalogue) of the Botanic Garden of the University of Coimbra, between 1926 and 2013. Spores were collected from spontaneous and cultivated individuals across Portugal, including both native and introduced taxa. The database consists of 3,383 curated records with information on the species, or infraspecific taxa (including authority), and the day and site where spores were collected. All records are georeferenced and provided with a confidence interval for the collection site.
Registros
Los datos en este recurso de registros biológicos han sido publicados como Archivo Darwin Core(DwC-A), el cual es un formato estándar para compartir datos de biodiversidad como un conjunto de una o más tablas de datos. La tabla de datos del core contiene 3.383 registros.
Este IPT archiva los datos y, por lo tanto, sirve como repositorio de datos. Los datos y los metadatos del recurso están disponibles para su descarga en la sección descargas. La tabla versiones enumera otras versiones del recurso que se han puesto a disposición del público y permite seguir los cambios realizados en el recurso a lo largo del tiempo.
Versiones
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¿Cómo referenciar?
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Heleno R, Costa J M, Covelo F, Santos J, Lopes P, Gouveia A C, Matos A, Salgado A, Girão da Cruz M T, Farminhão J, Horta M, Barreto G, Marques A V, Craveiro L, Pinto P, Santos M, Nunes B, Barreiro M, Dias A, Rodrigues G, Esteves L, Wanderley M, Santos I, Artiaga J P, Veríssimo J, Vilhena I, Moniz L, Leão A, Couras M, Mendes S B, Nereu M, Silva A M D D, Sales F, Gonçalves M T, Coutinho A, Freitas H, Silva J S, Ramos J, Marchante E, Timóteo S (2023). Historical data of spore availability for 109 spontaneous and cultivated ferns and lycopods taxa in Portugal (1926 – 2013). Version 1.0. No organization. Occurrence dataset. http://194.210.120.147:8080/resource?r=ferns_lycopods_jbuc_is&v=1.0
Derechos
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Esta obra está bajo una licencia Creative Commons de Atribución/Reconocimiento-NoComercial (CC-BY-NC 4.0).
Registro GBIF
Este recurso no ha sido registrado en GBIF
Palabras clave
Occurrence; Ferns; Lycopods; Historical data; Index Seminum; Spores; Portugal
Contactos
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- Punto De Contacto
https://orcid.org/0000-0002-4808-4907
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Cobertura geográfica
Mainland Portugal
| Coordenadas límite | Latitud Mínima Longitud Mínima [37,283, -9,048], Latitud Máxima Longitud Máxima [41,642, -6,905] |
|---|
Cobertura taxonómica
Plants identified to species or infraspecific level.
| Reino | Plantae |
|---|---|
| Filo | Tracheophyta |
| Class | Lycopodiopsida, Polypodiopsida |
Cobertura temporal
| Fecha Inicial / Fecha Final | 1926-05-06 / 2013-11-30 |
|---|
Métodos de muestreo
This dataset includes the records collected since 1926 by the staff of the Botanic Garden of the University of Coimbra. It includes the date, location, and species or infraspecific taxa for the spores collected every year to integrate the Batanic Garden of the University of Coimbra Index Seminum.
| Área de Estudio | Data covers mainland Portugal. |
|---|---|
| Control de Calidad | Intermidiate quality checks at data entry, taxonomic harmonization and georeferencing stages to detect and correct errors. Final quality check of 1000 random entries. |
Descripción de la metodología paso a paso:
- Taxonomic harmonization: - initial verification by botanist from the Herbarium of the University of Coimbra, to check small typos and authorities misspellings; - harmonization through the Global Name Resolver using function gnr_resolve from the R (R Core Team 2023) package taxixe 0.9.9 (Chamberlain & Szöcs 2013, Chamberlain et al. 2020), against the Global Biodiversity Information Facility - GBIF backbone, accessed on 2023-03-01; - species classification as native or introduced to Portugal based on the World Checklist of Vascular Plants - WCVP (Govaerts et al. 2021), using function wcvp_distribution from the R package rWCVP (Brown et al. 2023), accessed on 2023-06-28. The data set includes the original name, and the harmonized taxonomy based on GBIF and WCVP. Georeferencing protocol: - original record of collection localities clustered based on textual description using OpenRefine, followed by manual inspection; - locations georeferenced with point-radius georeferencing method (Chapman & Wieczorek 2020, Zermoglio et al. 2020), with geographic coordinates, and corresponding confidence intervals, obtained with Maps.ie (Maps.ie 2023), and uncertainty obtained with Georeferencing Calculator (Bloom et al. 2020; Wieczorek et al. 2021); - administrative levels obatined with Google Geocoding API through the Reverse Geocoding Service Google 2022); - elevation retrieved with Google Elevation API.
Referencias bibliográficas
- R Core Team. (2023). R: A language and environment for statistical computing.
- Chamberlain, S.A. & Szöcs, E. (2013). taxize: taxonomic search and retrieval in R. F1000Research. 10.12688/f1000research.2-191.v2
- Chamberlain, S., Szoecs, E., Foster, Z., Arendsee, Z., Boettiger, C., Ram, K., Bartomeus, I., Baumgartner, J., O’Donnell, J. & Oksanen, J. (2020). taxize: Taxonomic information from around the web. R package version 0.9, 92.
- Govaerts, R., Nic Lughadha, E., Black, N., Turner, R. & Paton, A. (2021). The World Checklist of Vascular Plants, a continuously updated resource for exploring global plant diversity. Scientific Data 8, 215. 10.1038/s41597-021-00997-6
- Brown, M.J.M., Walker, B.E., Black, N., Govaerts, R.H.A., Ondo, I., Turner, R. & Nic Lughadha, E. (2023). rWCVP: a companion R package for the World Checklist of Vascular Plants. New Phytologist, 1–10. 10.1111/nph.18919
- Chapman, A. D. & Wieczorek, J. R. (2020). Georeferencing best practices. Version 1.0. 10.15468/doc-gg7h-s853
- Zermoglio P.F., Chapman A.D., Wieczorek J.R., Luna M.C. & Bloom D.A. (2020). Georeferencing Quick Reference Guide. Copenhagen: GBIF Secretariat 10.35035/e09p-h128
- Maps.ie. (2023). https://www.maps.ie/draw-radius-circle-map. Accessed on 2023-03-20.
- Bloom, D. A., Wieczorek, J. R. & Zermoglio, P. F. (2020). Georeferencing Calculator Manual. Copenhagen: GBIF Secretariat. Version 1.0. 10.35035/gdwq-3v93
- Wieczorek, C. & Wieczorek, J. (2020). Georeferencing Calculator; http://georeferencing.org/georefcalculator/gc.html. Accessed on 2022-08-29, 2021.
- Google. (2022). Google Geocoding API https://developers.google.com/maps/documentation/geocoding/start. Accessed on 2022-08-29.
Metadatos adicionales
| Identificadores alternativos | http://194.210.120.147:8080/resource?r=ferns_lycopods_jbuc_is |
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